Nowy instrument  posiada 66 głosów, co stawia go wśród organów na pierwszym miejscu na Pomorzy Zachodnim. Organy posiadają 4743 piszczałki w tym 183 tzw. trąbki hiszpańskie umieszczone w prospekcie organowym poziomo. Wysokość największej piszczałki z wibracjami rzędu 16 Hz (dolna granica słyszalności człowieka) - 10 m. Kontuar organowy posiada cztery manuały i jeden nożny. Całość waży ponad 36 ton. Instrument został umieszczony na chórze i zaplanowany tak, aby nie zasłaniał dużego witraża jaki został wykonany w 2000 r. kiedy jeszcze nie było planów jak zagospodarować chór. Dlatego też instrument podzielono symetrycznie eksponując witraż ufundowany przez abp Mariana Przykuckiego – pierwszego metropolitę szczecińsko-kamieńskiego. Nowy instrument organowy został wykonany przez firmę Dariusza Zycha z Wołomina koło Warszawy

        Katedra, której pierwszy etap odbudowy zakończył się w 1974 r. posiadała dotychczas tylko niewielki 8 głosowy instrument muzyczny wykonany przez firmę „Edmund Kamiński i Syn” z Warszawy.

        Na uroczystość poświecenia zostały skomponowane specjalne dwa utwory: Marak Jasińskiego „Lux et Veritas” oraz Zbigniewa Kozuba „Ad maiorem Dei gloriam”, które uroczyscie wybrzmiały w katedrze eksponując możliwości głosowe nowego instrumentu.

        Przedwojenny instrument którego budowę ukończono w 1699 r. i posiadał 46 głosów wielokrotnie przebudowywano i modernizowano. W bardzo dobrym stanie przetrwały do ostatniej wojny. Z inicjatywy duchownych kościoła św. Jakuba organy zostały rozłożone i wywiezione w lipcu 1944 r. do miejscowości Nemischhof (dziś Niemieńsko, gmina Drawno, powiat choszczeński, województwo zachodniopomorskie). W tym miejscu ślad starego instrumentu urywa się.

        Dzięki zabiegom proboszcza parafii ks. Jana Kazieczko i wielu życzliwych ludzi, przy pozyskaniu pomocy z Unii Europejskiej podjęto się realizacji wielkiego projektu związanego ze szczecińską katedrą. Oprócz instrumentu organowego finalizowany jest projekt dotyczący odbudowy hełmu wieży i przystosowania jej dla ruchu turystycznego. W środku wieży liczącej 110 m zamontowano dwie windy, które wyniosą turystów na taras mieszczący się na poziomie ok. 60 m. Tam będzie można oglądać panoramę pięknego Szczecina. Pomogą w tym cztery lunety widokowe. Na ukończeniu jest także projekt dotyczy ogrzewania świątyni. Cały dotychczasowy system grzewczy został przebudowany i umiejscowiony pod podłogą, na której układana jest ceramiczna posadzka nawiązująca do przedwojennego wystroju.